Meisner war ab 1980 zunächst Bischof von Berlin und wurde 1983 Kardinal. 1989 wurde er Erzbischof von Köln und behielt dieses Amt 25 Jahre lang bis zum Jahr 2014. Er lebte zuletzt nach wie vor in der Domstadt. Immer wieder hatte Meisner gesagt, er habe nie nach Köln gewollt. Bei seiner Emeritierung sagte er dann versöhnlich: «Da wo man nicht hin will, da ist man richtig».
Der lange zu den prägenden Figuren des konservativen Flügels der katholischen Kirche zählende Meisner drückte dem Erzbistum in seiner langen Amtszeit mit einem autoritären Stil den Stempel auf. Landesweit sorgte er in Deutschland für Aufmerksamkeit auch mit seinen scharf formulierten Beiträgen etwa gegen das Frauenpriestertum oder die Abschaffung des Zölibats.
Wiederholt forderte er die CDU auf, das «C» aus ihrem Namen zu streichen - etwa, als diese sich in der Abtreibungsfrage gegen die Haltung der katholischen Kirche stellte.
Meisner galt lange Jahre als einflussreichster Vertreter des konservativen Flügels unter den deutschen Bischöfen. Er pflegte ein enges Verhältnis zu Papst Johannes Paul II. und insbesondere zu Papst Benedikt XVI., dem vormaligen Kardinal Joseph Ratzinger.
Dagegen opponierte er bis zuletzt gegen den Reformkurs von Papst Franziskus. Er war einer von vier Unterzeichnern eines offenen Briefes an den Papst. Darin forderten er und die drei anderen Franziskus-Kritiker im September vorigen Jahres Aufklärung über das päpstliche Schreiben über Familie und Liebe, «Amoris Laetitia». Der Papst hatte auf das Schreiben nicht reagiert.